Onverwacht nieuwe ‘alarmbellen’ voor ons afweersysteem

Eiwitten zijn voor te stellen als lange ketens van aaneengeregen aminozuren. Een lichaamscel maakt deze eiwitten aan en ruimt ze ook weer op wanneer ze overbodig of beschadigd zijn. Een geïnfecteerde cel produceert ook eiwitketens die horen bij het virus of de bacterie die er in huist. En een kankercel maakt gemuteerde eiwitketen aan. Bij de afbraak van deze eiwitten worden ze in stukjes geknipt: zogenaamde peptiden. De cel presenteert deze aan de buitenkant van de cel, zodat het afweersysteem deze kan herkennen als ‘niet in orde’. In 2014 maakte een Nederlands onderzoekteam bekend een betere methode te hebben ontwikkeld om duizenden van deze peptiden te tegelijk te kunnen meten.

Niet alleen knippen, maar ook plakken

Om te voorspellen welke peptiden de cel precies presenteert, gebruiken onderzoekers het genetisch materiaal van de ziekteverwekker. Het nieuwe onderzoek laat zien dat tijdens de afbraak van eiwitten de ketens niet alleen geknipt worden, maar ook dat stukjes weer aan elkaar worden geplakt, waardoor totaal nieuwe combinaties ontstaan. “In onze Science-publicatie laten we zien dat we maar 70% van de gepresenteerde peptiden konden herleiden tot het oorspronkelijke genetische materiaal”, zegt Albert Heck, hoogleraar Biomoleculaire massaspectrometrie en proteomics aan de Universiteit Utrecht en een van de onderzoekers. “30% herkenden we eerst niet, maar met onze betere meetmethode nu wel. Stel je neemt het alfabet als synoniem voor het genoom, dan verwacht je stukjes als ABCDE, KLMOP of QRSTUV, maar wij troffen nu bijvoorbeeld ook vaak SRQP-KLM of QR-ABC aan.”

Kanker-immuuntherapie

Deze anders gerangschikte peptides kunnen mogelijk nieuwe aangrijpingspunten zijn voor vaccins en immuuntherapieën tegen kanker. Die laatsten staan nu wereldwijd veel in de belangstelling.

Publicatie

‘A large fraction of HLA class I ligands are proteasome-generated spliced peptides’, Science.

Dit onderzoek sluit nauw aan bij het strategische onderzoeksthema Life Sciences van de Universiteit Utrecht, onder de subthema’s Cancer en Science for Life.

Gerelateerde berichten:

• Nieuwe massaspectrometer voor grote biomoleculen (15/10/12 01:00)
• Kortingscode Eiwitten.nl (04/05/12 13:25)
• Nu te zien in 3D: de kettingreactie van het menselijk afweersysteem (13/01/11 17:24)
• Plant herkent uitzonderlijk brede groep aanvallers (03/11/14 21:00)
• Slechte eiwitten op te sporen met laser (04/11/13 10:26)

Reacties:

Er zijn nog geen reacties op dit bericht.